국가적 프로젝트에 발탁된 환경성의 젊은 관료, 아마미. 출세를 위한 정도에 올랐건만, 학계에서 추방된 한 학자의 주장이 자꾸 맘에 걸린다. 타도코로 박사의 관동 침몰설이.
타도코로 박사의 예견대로 히노지마섬이 침몰했지만, 정부는 여전히 그의 주장이 낭설이라며 일축한다. 그리고 주간지에는 아마미와 타도코로의 유착 의혹 기사가 실리는데.
1년 안에 관동 침몰이 시작된다. 타도코로 박사의 충격적 예측에도 태세를 바꾸려 하지 않는 부총리. 고민에 빠진 아마미는 저명한 과학자의 의견을 들어보고자 시도한다.
언론에 유출된 관동 지방 침몰설을 결국 총리가 공개적으로 인정했다. 주가는 폭락하고 대혼란이 시작된 일본. 아마미는 불철주야 주민 피난 계획을 세우지만, 이미 비극은 다가오고 있었다.
결국 침몰은 현실이 되고, 도쿄를 중심으로 이재민이 속출한다. 한편 딸이 탄 피난 버스가 터널 붕괴 사고에 휘말렸다는 소식을 들은 아마미. 바로 현장으로 달려간다.
피해 지역 복구를 시작하자마자 난항을 겪는 일본 정부. 그런 와중에, 타도코로 박사는 새로운 경고를 하는데. 지금 열도 전체를 완전히 침몰시킬 더 큰 2차 재앙이 다가온다.
타도코로 박사가 체포되고, 데이터를 대신 검증해 줄 과학자가 필요해진 아마미는 의외의 인물을 찾아간다. 한편, 정부의 이민 계획은 예상 밖의 장애물을 만난다.
일본의 대위기와 이민을 위한 협상 계획이 결국 전 세계에 노출되고, 정부에 대한 국민의 신뢰가 추락하기 시작한다.
일본 총리가 테러를 당하고 세계는 충격에 휩싸인다. 그래도 이민 계획을 계속 진행하는 아마미와 동료들. 하지만 완전히 새로운 종류의 위기가 고개를 든다.